ในอนาคต โลกเกือบถูกทำลายจากการรุกรานของเผ่าพันธุ์ต่างดาวนามว่า Festum มนุษย์จำนวนมากล้มตาย เหลือเพียงผู้รอดชีวิตบางส่วนที่หลบซ่อนอยู่บนเกาะลึกลับชื่อ Tatsumiyajima ซึ่งถูกพรางตัวจากโลกภายนอกมานานหลายปีเด็กหนุ่มชื่อ Kazuki Makabe ใช้ชีวิตอย่างสงบสุขโดยไม่รู้ว่าความจริงแล้วเกาะแห่งนี้คือแนวป้องกันสุดท้ายของมนุษยชาติ จนกระทั่ง Festum ค้นพบที่ตั้งของเกาะและเปิดฉากโจมตี ทำให้เขาต้องขึ้นขับหุ่นรบ Fafner เพื่อปกป้องบ้านเกิดของตนเอง ร่วมกับเพื่อนสนิทอย่าง Soshi Minashiro และเหล่าเด็กหนุ่มสาวที่ถูกเลือกเป็นนักบินหุ่นรบ