ในอีกด้านหนึ่ง เมกะทรอน ยังคงไล่ล่าออโต้บอทอย่างไม่ลดละ พร้อมผลักดันโครงการ Project Nemesis เพื่อสร้างความได้เปรียบในสงคราม แม้จะต้องแลกมาด้วยการเสียสละครั้งใหญ่ของฝ่ายดีเซปติคอนเอง ความทะเยอทะยานของเขาเริ่มทำให้ลูกน้องบางคนเกิดความลังเล ขณะที่ความสัมพันธ์ระหว่างเหล่าผู้บัญชาการก็เริ่มแตกร้าวภาคนี้ยังขยายจักรวาลของทรานส์ฟอร์เมอร์ด้วยการแนะนำตัวละครใหม่หลายตัว รวมถึงการเปิดเผยกลุ่มทรานส์ฟอร์เมอร์ที่เลือกวางตัวเป็นกลาง ไม่เข้าร่วมสงครามของทั้งสองฝ่าย ทำให้เรื่องราวมีมิติด้านการเมืองและผลกระทบของสงครามมากกว่าการต่อสู้เพียงอย่างเดียวจุดเด่นของ Earthrise คือการเล่าเรื่องที่เน้นการเดินทางและความอยู่รอดของตัวละคร ทุกการตัดสินใจล้วนส่งผลต่ออนาคตของไซเบอร์ทรอน พร้อมทั้งค่อย ๆ ปูทางไปสู่เหตุการณ์สำคัญที่จะเกิดขึ้นในภาคสุดท้าย Kingdom โดยตอนท้ายของเรื่องยังทิ้งปริศนาและความหวังใหม่ เมื่อยานของออพติมัสเข้าใกล้ดาวเคราะห์ลึกลับที่ภายหลังจะกลายเป็นจุดเปลี่ยนสำคัญของสงคราม