Magical Girl Lyrical Nanoha เล่าเรื่องของ ทาคามาจิ นาโนฮะ เด็กหญิงชั้นประถมผู้ใช้ชีวิตธรรมดา จนกระทั่งได้ช่วยสัตว์ตัวเล็กที่ได้รับบาดเจ็บ ซึ่งแท้จริงแล้วคือ ยูโนะ สไครอา จอมเวทจากต่างมิติที่เดินทางมายังโลกเพื่อตามหา "จิวเวลซีด" วัตถุโบราณที่มีพลังมหาศาล หากตกอยู่ในมือผู้ไม่หวังดีอาจก่อให้เกิดหายนะครั้งใหญ่ ยูโนะจึงมอบอุปกรณ์เวทมนตร์ Raising Heart ให้กับนาโนฮะ เพื่อเปลี่ยนเธอให้กลายเป็นสาวน้อยจอมเวทและร่วมกันเก็บกู้จิวเวลซีดทั้งหมด ในช่วงแรกของเรื่อง บรรยากาศจะเต็มไปด้วยความน่ารักและการผจญภัย แต่เมื่อการตามหาจิวเวลซีดดำเนินต่อไป นาโนฮะก็ได้พบกับ เฟท เทสทารอสซา เด็กสาวผู้ใช้เวทมนตร์อีกคนที่มีเป้าหมายเดียวกัน ทั้งสองต้องเผชิญหน้ากันหลายครั้ง แม้จะเป็นคู่ต่อสู้ แต่ความจริงเบื้องหลังชีวิตของเฟทกลับเต็มไปด้วยความเจ็บปวด ทำให้นาโนฮะเลือกใช้ความเข้าใจมากกว่าความรุนแรงในการเข้าถึงหัวใจของเธอ จุดเด่นของอนิเมะเรื่องนี้คือการผสมผสานแนวสาวน้อยเวทมนตร์เข้ากับการต่อสู้ที่อลังการ พลังเวทถูกนำเสนอในรูปแบบคล้ายอาวุธพลังงานและเทคโนโลยีจากต่างมิติ ทำให้ฉากแอ็กชันมีความรวดเร็ว ดุเดือด และแตกต่างจากอนิเมะแนวเดียวกันในยุคนั้น อีกทั้งยังมีการพัฒนาความสัมพันธ์ของตัวละครที่ค่อย ๆ เติบโตผ่านการต่อสู้และความเชื่อใจ