หลังจากผ่านเหตุการณ์วุ่นวายจากทั้งฝั่งวิทยาศาสตร์และเวทมนตร์มาแล้ว คามิโจ โทมะ ก็ยังคงใช้ชีวิตสุดซวยเหมือนเดิม โดยมี อินเด็กซ์ แม่ชีสาวที่มีความรู้เกี่ยวกับคัมภีร์เวทมนตร์จำนวนมหาศาลคอยอยู่ข้าง ๆ แต่ดูเหมือนว่าชีวิตของโทมะจะไม่มีวันได้สงบ เพราะทุกครั้งที่คิดว่าจะได้ใช้ชีวิตแบบนักเรียนธรรมดา เรื่องเหนือธรรมชาติก็มักเข้ามาหาเขาเสมอ

ซีซั่น 2 ยังคงขยายโลกของ Academy City และความขัดแย้งระหว่าง Science Side กับ Magic Side ให้ใหญ่ขึ้นกว่าเดิม จากปัญหาระดับบุคคลค่อย ๆ ลุกลามไปสู่เหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับองค์กรและอำนาจระดับนานาชาติ ทำให้โทมะไม่ได้เป็นเพียงเด็กหนุ่มที่คอยช่วยคนรอบตัวอีกต่อไป แต่กำลังถูกดึงเข้าไปอยู่ท่ามกลางความขัดแย้งครั้งใหญ่

ช่วงต้นเรื่อง โทมะต้องรับมือกับเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับ ออร์โซลา อาควีนาส และคัมภีร์ Book of the Law ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งกับกลุ่มศาสนจักรและการปรากฏตัวของฝ่าย Amakusa Church เรื่องราวค่อย ๆ ขยายจากการช่วยเหลือคนคนหนึ่งไปสู่การต่อสู้กับแผนการที่เกี่ยวข้องกับเวทมนตร์และศาสนจักรโดยตรง