หลังเหตุการณ์ในซีซั่นแรก ลอยด์ อาริน โซระ และเหล่านินจา ยังคงปกป้องนครนินจาโก พร้อมกับพยายามทำความเข้าใจพลังใหม่ของพวกเขา แต่สถานการณ์กลับเลวร้ายลงเมื่อเกิดเหตุการณ์ Blood Moon และการปรากฏตัวของศัตรูหน้าใหม่ที่เกี่ยวข้องกับภัยคุกคามจากอดีต

ลอยด์เริ่มเห็นนิมิตเกี่ยวกับเหล่านักรบสวมหน้ากากและได้รับคำชี้นำจาก Source Dragons ทำให้เหล่านินจาต้องออกตามหาอาจารย์ในตำนานเพื่อเรียนรู้พลังที่จะสามารถต่อกรกับ Shatterspin เทคนิคการต่อสู้ต้องห้ามที่อันตรายอย่างยิ่ง

ขณะเดียวกัน ลอร์ดราส ก็กลับมาพร้อมแผนการครั้งใหญ่ เขาต้องการใช้พิธีกรรมและพลังจาก Blood Moon เพื่อปลดปล่อย Forbidden Five ออกมา เหล่านินจาจึงต้องเร่งฝึกฝนและค้นพบพลังที่แท้จริงของตัวเอง ก่อนที่ศัตรูจะทำภารกิจสำเร็จ

เรื่องราวยังพาเหล่านินจาเข้าสู่ Tournament of Sources การแข่งขันที่เกี่ยวข้องกับพลังธาตุ ซึ่งกลายเป็นสนามสำคัญในการเปิดเผยความลับและแผนการของฝ่ายร้าย ก่อนนำไปสู่การเผชิญหน้าครั้งใหญ่กับ Forbidden Five