Sailor Moon Crystal พาเรากลับไปพบกับตำนานของเหล่านักรบเซเลอร์ในเรื่องราวที่อิงจากมังงะต้นฉบับของ นาโอโกะ ทาเคอุจิ โดยเล่าเรื่องของ สึกิโนะ อุซางิ เด็กสาวมัธยมที่ทั้งซุ่มซ่ามและขี้แย แต่กลับได้รับเลือกให้เป็นเซเลอร์มูน หลังจากได้พบกับ ลูน่า แมวดำปริศนาที่มีสัญลักษณ์พระจันทร์เสี้ยวบนหน้าผาก

ภารกิจของอุซางิคือการตามหาเหล่าเซเลอร์การ์เดียนคนอื่น ๆ เจ้าหญิงแห่งดวงจันทร์ และ ผลึกเงินมายา ขณะที่อาณาจักรแห่งความมืดภายใต้การนำของราชินีเบริลก็พยายามแย่งชิงพลังลึกลับนี้เช่นกัน ทำให้การต่อสู้ระหว่างสองฝ่ายเริ่มต้นขึ้น

ระหว่างทาง อุซางิได้พบกับ อามิ เรย์ มาโคโตะ และมินาโกะ ซึ่งต่างมีพลังของเซเลอร์การ์เดียน รวมถึงชายหนุ่มลึกลับอย่าง ทักซิโด้มาสก์ ความสัมพันธ์ของพวกเขาค่อย ๆ เปิดเผยความจริงเกี่ยวกับอดีตชาติ อาณาจักรดวงจันทร์ และความรักที่เชื่อมโยงกันมาหลายยุคสมัย