เมื่อเด็กสาวจากดาวพุธก้าวเข้าสู่โรงเรียนที่เต็มไปด้วยการแข่งขัน การต่อสู้ และความลับของเทคโนโลยีกันดั้ม ชีวิตธรรมดาที่เธอใฝ่ฝันกลับกลายเป็นจุดเริ่มต้นของเรื่องราวที่ยิ่งใหญ่

Mobile Suit Gundam The Witch from Mercury พาผู้ชมไปรู้จักกับ ซูเล็ตต้า เมอร์คิวรี่ เด็กสาวผู้เดินทางจากดาวพุธมายังวิทยาลัยเทคโนโลยีแอสติคาเซีย สถานศึกษาที่อยู่ภายใต้การดูแลของกลุ่มธุรกิจเบเนริท ที่นี่เธอได้พบกับมิโอริเน่ เรมแบรน หญิงสาวผู้มีชีวิตผูกติดอยู่กับอำนาจและความคาดหวังของครอบครัว ก่อนที่การดวลระหว่างโมบิลสูทจะทำให้ทั้งคู่เข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์ที่ยากจะถอนตัว

สิ่งที่ทำให้เรื่องนี้น่าติดตามคือการผสมผสานชีวิตวัยเรียนเข้ากับสงครามทางผลประโยชน์ การเมืองระหว่างองค์กร และปริศนาเบื้องหลังกันดั้มเอเรียล จากการต่อสู้เพื่อเอาชนะในสนามประลอง ค่อย ๆ ขยายไปสู่ความจริงที่ซ่อนอยู่ภายใต้รอยยิ้มของผู้คนรอบตัว ซูเล็ตต้าต้องเรียนรู้ว่าการเติบโตไม่ได้หมายถึงการทำตามคำสั่งของใครเสมอไป