หลังจากผ่านการต่อสู้อันหนักหน่วงมาแล้ว ชินจิโร่กลับต้องเผชิญกับฝันร้ายที่คอยตามหลอกหลอน พร้อมกับความผิดปกติของพลังในตัวที่ทวีความรุนแรงขึ้นเรื่อย ๆ เมื่อพลังอันมหาศาลระเบิดออกจนสร้างความเสียหายให้เมืองและทำให้ผู้คนบาดเจ็บ ภาพลักษณ์ของอุลตร้าแมนผู้เป็นความหวังของมนุษย์ก็เปลี่ยนไปอย่างสิ้นเชิง จากฮีโร่ผู้พิทักษ์โลก กลายเป็นภัยคุกคามที่สังคมหวาดกลัว

สถานการณ์ยิ่งเลวร้ายเมื่อชินจิโร่ต้องเผชิญกับการไล่ล่าและคำสั่งจากหน่วยงานที่เขาเคยร่วมงานด้วย ขณะเดียวกันกองกำลังต่างดาวลึกลับก็เริ่มเคลื่อนไหวอยู่เบื้องหลัง เพื่อดำเนินแผนการที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์ในอดีต การต่อสู้ครั้งนี้จึงไม่ได้มีเพียงการเอาชนะศัตรูเท่านั้น แต่ยังเป็นบททดสอบว่าชินจิโร่จะยืนหยัดเป็นฮีโร่ได้หรือไม่ ในวันที่แม้แต่ผู้คนที่เขาปกป้องก็ยังไม่เชื่อใจเขาอีกต่อไป