กลับมาอีกครั้งกับเรื่องราวสุดแปลกของโรงเรียนฮาโคนิวะ เมื่อคุโรคามิ เมดากะ ประธานนักเรียนสาวผู้มีความสามารถเหนือมนุษย์ ต้องเผชิญหน้ากับปัญหาครั้งใหม่ที่ยิ่งใหญ่กว่าเดิม หลังจากเหตุการณ์วุ่นวายในภาคแรกจบลง ความสงบสุขที่ทุกคนหวังไว้กลับอยู่ได้ไม่นาน เมื่อแผนการลับที่เรียกว่า “Flask Plan” เริ่มเผยโฉมขึ้น ครั้งนี้เมดากะและเหล่าสภานักเรียนต้องรับมือกับกลุ่มนักเรียนพิเศษที่เรียกตัวเองว่า “Thirteen Party” นำโดยมิยาโคโนโจ โอโด ผู้มีพลังอันน่าเกรงขามและความทะเยอทะยานที่ยากจะหยั่งถึง ท่ามกลางการต่อสู้ที่เต็มไปด้วยความสามารถเหนือธรรมชาติและปริศนาที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังโรงเรียน