กลับมาสานต่อความลึกลับอีกครั้งกับ B The Beginning Season 2 อนิเมะแนวสืบสวน ไซไฟ และแอ็กชัน ที่ยังคงเล่าเรื่องของ คีท ฟลิก นักสืบอัจฉริยะ และ โคคู ชายหนุ่มผู้มีพลังเหนือมนุษย์ หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรกคลี่คลายลง ทั้งสองต้องเผชิญกับคดีใหม่ที่ซับซ้อนและอันตรายกว่าเดิม

เมื่อคีทกลับมาทำงานกับหน่วย RIS อีกครั้ง เขาต้องเข้าไปพัวพันกับคดีฆาตกรรมที่ถูกเชื่อมโยงกับฉายา “Killer B” ขณะที่โคคูกลับใช้ชีวิตอย่างสงบกับยูนะ แต่ความสงบกลับอยู่ได้ไม่นาน เมื่อ คิริซาเมะ บุคคลจากอดีตที่ทุกคนคิดว่าเสียชีวิตไปแล้วปรากฏตัวขึ้น พร้อมนำพาโคคูเข้าสู่ความขัดแย้งครั้งใหม่

เรื่องราวค่อย ๆ เปิดเผยแผนการของกลุ่มลึกลับที่ต้องการเปลี่ยนแปลงโลก ทำให้โคคูต้องตกเป็นเป้าหมายและเผชิญหน้ากับศัตรูที่รู้จักอดีตของเขาเป็นอย่างดี ด้านคีทก็ต้องใช้ทั้งไหวพริบและประสบการณ์เพื่อคลี่คลายคดี พร้อมรับมือกับสถานการณ์ที่ทำให้ตัวเขาเองกลายเป็นผู้ต้องสงสัย