Magic Kaito 1412 จอมโจรอัจฉริยะ เล่าเรื่องของ คุโรบะ ไคโตะ นักเรียนมัธยมปลายผู้หลงใหลในมายากล และยังเป็นลูกชายของนักมายากลชื่อดังที่เสียชีวิตไปอย่างลึกลับ

หลังจากผ่านไป 8 ปี ไคโตะได้ค้นพบความลับของพ่อว่าแท้จริงแล้วเขาคือ จอมโจรคิด จอมโจรชื่อดังที่เคยสร้างความปั่นป่วนให้กับตำรวจทั่วโลก

เมื่อรู้ว่าการตายของพ่ออาจไม่ใช่อุบัติเหตุ ไคโตะจึงสวมชุดขาวพร้อมหมวกทรงสูงและผ้าคลุม กลายเป็นจอมโจรคิดคนใหม่ เพื่อสืบหาความจริงและตามล่าคนที่อยู่เบื้องหลังการตายของพ่อ

แต่ภารกิจของเขาไม่ได้มีแค่การขโมยอัญมณี เพราะเบื้องหลังของอัญมณีล้ำค่าเหล่านั้นเกี่ยวข้องกับองค์กรลึกลับและเป้าหมายสำคัญอย่าง Pandora ทำให้ทุกการโจรกรรมเต็มไปด้วยอันตราย

ขณะเดียวกัน ไคโตะยังต้องใช้ชีวิตในฐานะนักเรียนธรรมดา โดยมี นากาโมริ อาโอโกะ เพื่อนสาวที่คอยสร้างทั้งความวุ่นวายและสีสันให้กับเรื่อง

สิ่งที่สนุกคือการได้เห็นไคโตะใช้ทั้งมายากล การปลอมตัว อุปกรณ์สุดล้ำ และไหวพริบในการหลบหนีตำรวจ พร้อมวางแผนเอาชนะคู่แข่งที่พยายามเปิดโปงตัวตนของเขา

เรื่องยังมีการปรากฏตัวของ ฮาคุบะ ซางุรุ นักสืบหนุ่มอัจฉริยะ รวมถึง โคนัน ในบางเหตุการณ์ ทำให้หลายคดีเต็มไปด้วยการประชันไหวพริบระหว่างจอมโจรกับนักสืบ