Mazinkaiser SKL กลับมาพร้อมความเดือดของหุ่นเหล็กที่เน้นการต่อสู้แบบจัดเต็ม เมื่อ “เกาะจักรกล” กลายเป็นสมรภูมิของ 3 กองกำลังที่แย่งชิงอำนาจกันอย่างไม่มีใครยอมใคร ขณะเดียวกันม่านแรงโน้มถ่วงที่กักกันเกาะแห่งนี้กำลังไม่เสถียร และมีเวลาเพียง 66 ชั่วโมง ก่อนหายนะจะลุกลามจนทำลายโลก

ภารกิจหยุดยั้งวิกฤตจึงตกเป็นของ เคน ไคโด และ เรียว มากามิ สองนักบินแห่งหน่วย Death Caprice ที่ถูกส่งเข้าสู่สมรภูมิพร้อมหุ่นรบสุดโหดอย่าง Mazinkaiser SKL โดยทั้งคู่มีสไตล์การต่อสู้แตกต่างกันอย่างชัดเจน เคนถนัดการใช้ดาบ ส่วนเรียวเชี่ยวชาญอาวุธปืน ทำให้การต่อสู้ของทั้งสองมีจังหวะที่ดุดันและรวดเร็ว

ระหว่างทางพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับกองทัพของ คิบะ การัน และไอระ ที่ต่างมีเป้าหมายและวิธีการของตัวเอง ยิ่งการต่อสู้รุนแรงขึ้น ความจริงเกี่ยวกับเกาะจักรกลและวิกฤตที่กำลังจะเกิดก็เริ่มถูกเปิดเผย