ระหว่างการเดินทางผ่านทะเลทราย ลูกเรือหมวกฟางได้พบกับ พอร์ตกัส ดี. เอส พี่ชายของลูฟี่ ผู้ใช้พลังไฟจากผลปีศาจ ซึ่งกำลังออกตามล่าโจรสลัดหนวดดำ การปรากฏตัวของเอสไม่เพียงเพิ่มสีสันให้เรื่องราว แต่ยังเผยให้เห็นสายสัมพันธ์อันแน่นแฟ้นของสองพี่น้อง และปูปมสำคัญของเนื้อเรื่องในอนาคตอีกด้วยเมื่อสงครามใกล้ปะทุ วีวี่พยายามทุกวิถีทางเพื่อหยุดการนองเลือด แต่กลับถูกสถานการณ์บีบคั้นจนแทบหมดหวัง ขณะที่ลูฟี่และพรรคพวกต้องแยกย้ายกันต่อสู้กับเหล่าเจ้าหน้าที่ระดับสูงของบาร็อคเวิร์คส์ ไม่ว่าจะเป็น มิสเตอร์ 1, มิสเตอร์ 2 บอน เคลย์, มิสเตอร์ 4, มิสเตอร์ ดับเบิลฟิงเกอร์ และคู่หูคนอื่น ๆ ซึ่งทำให้สมาชิกแต่ละคนได้แสดงศักยภาพและพัฒนาฝีมือของตนเองอย่างเต็มที่ไฮไลต์สำคัญของซีซั่นคือการต่อสู้ระหว่าง ลูฟี่กับคร็อกโคไดล์ ที่นับเป็นศึกใหญ่ครั้งแรกของลูฟี่กับศัตรูระดับโลก ลูฟี่พ่ายแพ้ถึงสองครั้งจากพลังของผลทราย ก่อนจะค้นพบจุดอ่อนของคร็อกโคไดล์และกลับมาท้าทายอีกครั้งด้วยความมุ่งมั่นที่จะช่วยวีวี่และปกป้องอาณาจักรอลาบัสต้า การต่อสู้ครั้งสุดท้ายเต็มไปด้วยความดุเดือดและกลายเป็นหนึ่งในฉากคลาสสิกที่แฟนวันพีซจดจำมาจนถึงปัจจุบัน