หลายปีหลังจากอุลตร้าแมนต้นฉบับหายไปจากโลก "ชินจิโร่ ฮายาตะ" ลูกชายของผู้ที่เคยเป็นอุลตร้าแมนคนแรก ค้นพบว่าตนเองมีพลังเหนือมนุษย์ติดตัวมาตั้งแต่เกิด วันหนึ่งเขาได้รู้ความจริงว่าพ่อของเขาเคยเป็นอุลตร้าแมน และตนเองได้รับพันธุกรรมพิเศษที่สามารถสวมชุด Ultra Suit ได้เมื่อภัยคุกคามจากเหล่าเอเลี่ยนเริ่มกลับมา ชินจิโร่จึงต้องรับหน้าที่สืบทอดตำนานฮีโร่แห่งแสงในฐานะอุลตร้าแมนคนใหม่ เพื่อปกป้องโลกจากศัตรูที่แข็งแกร่งขึ้นเรื่อย ๆ