หลังจากห้อง D สามารถพลิกสถานการณ์ในการสอบบนเกาะร้างได้ อายาโนะโคจิและเพื่อนร่วมชั้นต้องกลับมาใช้ชีวิตบนเรือสำราญ แต่ความสงบอยู่ได้ไม่นาน เพราะโรงเรียนเปิดการสอบพิเศษครั้งใหม่ที่บังคับให้นักเรียนจากแต่ละห้องต้องร่วมมือและหักหลังกันเอง

อายาโนะโคจิยังคงทำตัวเหมือนนักเรียนธรรมดาที่ไม่มีความสามารถโดดเด่น แต่เบื้องหลังเขากลับคอย ชักใยเหตุการณ์ทั้งหมดอย่างเงียบ ๆ โดยไม่ให้ใครรู้ตัว

ขณะเดียวกัน ริวเอ็น คาคุรุ หัวหน้าห้อง C เริ่มสงสัยว่าห้อง D มีบุคคลลึกลับที่คอยวางแผนอยู่เบื้องหลัง และพยายามตามหาว่าใครคือ “ผู้อยู่เบื้องหลังตัวจริง” ทำให้การต่อสู้ระหว่างห้องเริ่มรุนแรงขึ้นเรื่อย ๆ

อีกด้านหนึ่ง คารุอิซาวะ เคย์ กลายเป็นตัวละครสำคัญมากขึ้น เมื่ออดีตและบาดแผลในใจของเธอถูกเปิดเผย และเธอต้องเผชิญกับการกดดันอย่างหนักจากฝ่ายของริวเอ็น เหตุการณ์นี้ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างเธอกับอายาโนะโคจิเปลี่ยนไปอย่างมาก

ช่วงท้ายของซีซั่น การไล่ล่าหาตัวคนบงการนำไปสู่การเผชิญหน้าโดยตรงระหว่าง อายาโนะโคจิและริวเอ็น ซึ่งกลายเป็นหนึ่งในฉากสำคัญที่สุดของภาค 2 และเผยให้เห็นความสามารถที่แท้จริงของพระเอกมากขึ้น